La gendarmerie
En juillet 1990, suite à un concours, il est nommé chef adjoint du Chœur de l'armée française ; il devient alors officier de gendarmerie avec le grade de lieutenant.
En 1991, le maire de Clichy le choisit pour assurer les fonctions de directeur du conservatoire Léo Delibes (E.M.M.A.).
En 1992, il prend la direction musicale de l'orchestre Divertimento, formation subventionnée par le Conseil général de Seine-et-Marne et la ville de Chelles.
A l'occasion du bicentenaire de la création de l'hymne national, le gouverneur militaire de Paris le désigne pour préparer les cinq cents choristes qui interprètent "La Marseillaise des 1000", place de la Concorde à Paris.
Chargé de mission aux affaires culturelles de la ville de Clichy en 1993, il réalise un audit sur la vie musicale et culturelle de cette cité.
Il est directeur musical du "Festival des Nuits de Joux" et dirige les représentations à Luxeuil et Pontarlier de "La belle Hélène" d'Offenbach (spectacle enregistré par Radio France Franche-Comté).
En 1994, il participe aux commémorations du cinquantième anniversaire du débarquement à Omaha Beach en présence de nombreux chefs d'état (la reine Elisabeth II, la reine Béatrix de Hollande, François Mitterrand, Bill Clinton, le roi Albert II de Belgique, Vaclav Havel, Lech Walesa...).
Il signe l'adaptation française de la "Messe militaire" de Bohuslav Martinu pour l'enregistrement discographique commandé par le ministère des anciens combattants et victimes de guerre.
Il est promu au grade de capitaine.
Chef invité du festival Berlioz de La Côte-Saint-André, il dirige plusieurs programmes de musique française avec l'orchestre de Vienne.
En septembre, il est recruté comme chef des Chœurs de l'Opéra de Nantes pour la saison 1994-1995.
Le maire de Puteaux le désigne en 1995 membre permanent de la commission municipale de la culture et des arts.
Il prépare le Chœur de l'armée française aux cérémonies du 8 mai qui se déroulent place de l'Etoile devant plus de quatre-vingts chefs d'Etat et de gouvernement.
Lors du "Triomphe" aux écoles de Coëtquidan, il dirige une Marseillaise interprétée par plus de mille officiers élèves et élèves officiers.
Le 9 novembre, sur l'esplanade des Invalides, il assure la direction musicale de la commémoration du vingt-cinquième anniversaire de la mort du général de Gaulle.
L'année 1996 le voit prendre la direction du Chœur de l'armée française. Fait rarissime, Roger Boutry lui confie l'Orchestre symphonique de la garde républicaine pour un programme lyrique lors des concerts de gala de la gendarmerie nationale.
En présence de Jacques Chirac, Président de la République française, il crée le "De profundis" de Roger Calmel (dont il est le dédicataire) à l'occasion du quatre-vingtième anniversaire de la bataille de Verdun, puis participe à la cérémonie du transfert des cendres d'André Malraux au Panthéon.
Il enregistre un disque de variété française "Le Chœur de l'armée française chante" qui, bénéficiant d'une large couverture médiatique, représente à ce jour, avec plus de cinquante mille albums, un record de vente pour une formation musicale des armées.
Le ministre de la Culture, Philippe Douste-Blazy, le nomme chevalier de l'ordre des Arts et des Lettres.
Se souvenant de la formule du général de Gaulle "une armée qui chante est une armée qui gagne", il offre aux soldats de l'IFOR stationnés en Bosnie une série de concerts à Mostar et Sarajevo pour les fêtes de Noël.
Il est promu chef d'escadron en 1997. Sa fonction de chef du Chœur officiel de la République française le fait participer aux grandes manifestations de l'Etat (animation musicale du 14 juillet place de la Concorde, cérémonie commémorative du maréchal Leclerc aux Invalides...)
A l'occasion de la Coupe du monde de football en 1998, il innove dans le protocole en proposant de faire chanter les hymnes nationaux. C'est ainsi qu'il dirige le 12 juillet au stade de France, l'hymne du Brésil et la Marseillaise. Celle-ci est reprise en chœur par les quatre-vingt mille spectateurs et entendue par plus d'un milliard de téléspectateurs. "Le jour de gloire est arrivé..." Il reçoit dès le lendemain les félicitations personnelles du chef de l'Etat.
Vincent Warnier lui dédie son œuvre "Laudate Dominum" qu'il crée en octobre au festival international de Masevaux.
Souhaitant renouer avec l'enseignement, il crée en 1999 "Les Petits Chanteurs de Stan", chœur de garçons du collège Stanislas de Paris se consacrant à l'interprétation de la musique sacrée.
Lors d'un concert offert par le ministre des anciens combattants, il crée une œuvre de Rémi Gousseau pour ensemble de cuivres "In memoriam Douaumont".
A l'occasion des Choralîles de La Réunion, il dirige un ensemble de plus de six cents choristes dans la "Fantaisie chorale" de Beethoven.
Patrick Marie Aubert est nommé Chevalier de l'Ordre national du Mérite par le Président de la République le 8 mai 2000.
Anna Marly, compositeur du "Chant des partisans", chante sous sa direction au mois de juin lors d'un concert exceptionnel en l'église Saint Louis des Invalides.
Il quitte la direction du Chœur de l'armée française après avoir dirigé, le 14 juillet, place de la Concorde, huit cents chanteurs et instrumentistes dans "L'Hymne à la joie" de Beethoven et "La Marseillaise" de Berlioz.
Jacques Chirac, Président de la République française, l'assure de sa "bien cordiale estime".
En 2001, il est chargé de mission auprès du délégué au patrimoine culturel de la gendarmerie. A la demande du directeur général de la gendarmerie nationale, il réalise un audit sur la situation des musiques de la garde républicaine et de la gendarmerie mobile.
Pendant l'été, il est engagé en tant que chef de chœur aux Chorégies d'Orange entièrement consacrées à Verdi.
Il assure, le 25 août, l'animation musicale de la cérémonie commémorant la libération de Paris sur le parvis de l'Hôtel de ville.
La direction des Chœurs de l'Opéra de Nantes lui est confiée en septembre.
En 2002, il crée et dirige l'Ensemble instrumental et vocal de Passy avec la complicité de Raphaël Tambyeff et des artistes du Chœur de Radio France.
A Nantes, il conçoit et assure la direction musicale du spectacle "Une matinée à Vienne" sur des musiques de Franz Lehar et Johann Strauss. Il clôt l'année du centenaire de Maurice Duruflé en dirigeant son "Requiem" au mois de décembre.
L’année 2003 est celle de tous les changements. Il quitte l’Opéra de Nantes après y avoir dirigé en avril les représentations de "La forêt bleue" de Louis Aubert.
Il dirige son dernier concert avec l’orchestre Divertimento au mois de juin.
Fin juillet, il met un terme à sa carrière militaire après 27 années de bons et loyaux services.
Nicolas Joel l'appelle à ses côtés et le nomme chef du Chœur du Capitole de Toulouse le 1er septembre.